Dalam menjalankan roda organisasi Sekolah Tinggi sebagai institusi, STKIP PGRI Nganjuk dikendalikan oleh tiga komponen utama, yaitu : yayasan, Ketua, dan Bagian Administrasi.

Yayasan STKIP PGRI Nganjuk didirikan di Nganjuk pada tanggal 29 Mei 1985 berdasarkan Akte Notaris, Pitoyo Kusumo, SH Nomor 05 Tahun 1985. fungsi Yayasan STKIP PGRI Nganjuk antara lain meliputi :

1)       Menetapkan kebijakan lembaga dan Statuta STKIP PGRI Nganjuk;

2)       Menetapkan pendirian danpengambangan program pendidikan;

3)       Menetapkan Ketua;

4)       Menerima dan mengesahkan usulan Ketua STKIP PGRI Nganjuk yang menyangkut perencanaan tahunan, anggaran, tenaga, sarana dan prasarana;

5)       Menetapkan Struktur Organisasi STKIP PGRI Nganjuk dan Personalia atas usulan Ketua dengan memperhatikan ketentuan perundang-undangan yang berlaku;

6)       Menerima dan mengesahkan pertanggung jawaban Ketua;

7)       Memberi dan menerima bantuan pihak luar;

8)       Menetapkan danmengangkat tenaga dosen dan karyawan tetap, serta tenaga-tenaga lain yang diperlukan atas usul Ketua;

9)       Menetapkan, melaksanakan dan mempertanggungjawabkan pengadaan sarana dan prasarana kampus dengan memperhatikan usul/pendapat dati Ketua; dan

10)   Menetapkan pengaturan keuangan dengan memperhatikan usul/pendapat Ketua dan peraturan yang beraku.

Pengurus Yayasan terdiri atas : Ketua, Wakil Ketua, Sekretaris, Wakil Sekretaris, Bendahara, Anggota, dan Anggota eksufisio.

Ketua adalah komponen utama penyelenggara dan pengambil kebijakan segala aktivitas pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat. Di samping itu juga membina tenaga pendidikan, mahasiswa, tenaga administrasi, dan hubungannya dengan lingkungan, serta membina dan melaksanakan kerja sama dengan instansi, badan swasta dan masyarakat untuk memecahkan berbagai permasalahan, terutama yang menyangkut bidang tanggung jawabnya. Ketua STKIP terdiri atas : Ketua (Pemimpin Sekolah Tinggi), Pembantu Ketua Bidang Akademik, Pembantu Ketua Bidang Administrasi Umum, dan Pembantu Ketua Bidang Kemahasiswaan.

Bagian adalah unsur pelaksana di bidang layanan teknis dan administrasi tingkat Sekolah Tinggi yang diangkat oleh serta bertanggung jawab langsung kepada Ketua. STKIP PGRI Nganjuk mempunyai dua Bagian administrasi, yaitu : Bagian Administrasi Umum dan Keuangan (disingkat BAUK) dan Bagian Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan (disingkat BAAK). Setiap Bagian dipimpin oleh seorang Kepala Bagian.

Bagian Administrasi Umum dan Keuangan mempunyai tugas memberikan layanan teknis dan administrasi kepada seluruh sivitas akademika yang meliputi: bagian umum dan personalia/kepegawaian, bagian keuangan, bagian perlengkapan dan kerumahtanggaan, dan bagian hubungan masyarakat (HUMAS). Dalam memperlancar tugasnya Bagian Administrasi Umum dan Keuangan dibantu oleh empat orang kepala bagian, yaitu Kepala Bagian Umum dan Personalia, Kepala Bagian Keuangan, Kepala Bagian Perlengkapan dan Kerumahtanggaan, dan Kepala Bagian Hubungan Masyarakat (HUMAS)

Sementara itu Bagian Administrasi Akademik Kemahasiswaan mempunyai tugas memberikan layanan teknis dan administrasi kepada seluruh sivitas akademika, yang meliputi bagian registrasi dan statistik, bagian pendidikan dan pengajaran, dan bagian kemahasiswaan dan alumni. Dalam memperlancar tugasnya Bro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan dibantu oleh tiga orang kepala bagian yaitu : Kepala Bagian Registrasi Dan Statistik, Bagian Pendidikan Dan Pengajaran, Dan Bagian Kemahasiswaan Dan Alumni.

Selain tiga komponen utama tersebut di atas, dalam mencapai tujuannya, secara operasional STKIP PGRI Nganjuk didukung oleh peran lembaga dan unit pelaksana teknis, yang meliputi : Badan Perencanaan, Pengembangan, Dan Kerja Sama (BPPK), Lembaga Penelitian (LEMLIT), Lembaga Pengabdian Pada Masyarakat (LPM), Lembaga Pengkajian Ilmu, Perpustakaan, Pusat Komputer, Laboratorium Pusat, laboratorium Bahasa Asing.

Segala ikhtiar penataan kelembagaan dan pengembangan program sebagaimana dipaparkan di atas dengan tetap memperhatikan kebutuhan sivitas akademika dan masyarakat diharapkan semakin memantapkan keberadaan STKIP PGRI Nganjuk sebagai kampus yang “Terbaik Masa Depan”.